與DNA凝膠電泳一樣，蛋白質凝膠電泳也是實驗室中稀松平常的工作。無論是Western blot還是質譜分析，都離不開蛋白電泳。研究人員通過大小（1D）和電荷（2D）來分辨蛋白質。當然，僅僅分離蛋白是不夠的，它們必須要經過染色。染料的選擇有很多，具體選哪種，這取決于靈敏度要求、現有的設備和下游的應用。

常規之選

研究人員主要使用三種染料來處理日常的蛋白凝膠：考馬斯藍、銀染和熒光。據Sigma-Aldrich公司蛋白技術的研發Jeffrey Turner介紹，染料的選擇基本上可以歸結為“靈敏度 vs. 速度”。

考馬斯藍也許是zui常用的染料。作為一種可見的顯色（亮藍色）染料，它不需要任何特殊的設備。不過，Bio-Rad的業務開發Ning Liu認為，它的靈敏度也zui低，檢測極限大約在10-100 ng蛋白質。

很多公司提供不同配方的考馬斯藍染料，它們在使用簡便程度、整體染色時間和脫色要求上各有不同。例如，有些需要在乙醇/乙酸中固定，而有些只使用純水。Expedeon的InstantBlue™試劑可在電泳后直接添加到凝膠中，而不需要固定或脫色，染色可在15分鐘內完成。Bio-Rad的QC Colloidal Coomassie Stain操作則建議慢慢來，以便達到更好的效果。整個過程包括在40%乙醇/10%乙酸中固定15分鐘，之后染色1-20個小時，再脫色1-3小時。

有了賽默飛世爾推出的Pierce™ Power Stainer，研究人員可以讓考馬斯藍染色自動化。據它的產品Emily Goplen介紹，這臺設備可對兩塊凝膠進行染色和脫色。“盡管傳統的染色需要幾小時甚至，Power Stainer卻能在10分鐘內完成染色和脫色的過程，并且預制膠和自制膠都適用，”她說。

另一種常用方法是銀染，每條帶的靈敏度大約在0.1-0.25 ng。操作過程沒有脫色步驟，但是一個很長的過程，大約在2小時左右，而且相當講究。此外，據Turner介紹，操作需要用到一些有害的化學物質，如甲醛和銀，在通風櫥中進行。因此，人們一般不大愿意用這種方法，除非靈敏度很重要。

熒光染料的靈敏度則居中，可檢測幾納克的蛋白質，不過你得有一個兼容的凝膠成像系統或透射儀。與考馬斯藍和銀染一樣，熒光染色通常在電泳后進行，需要固定和脫色，不過也有例外。例如，SYPRO Ruby需要脫色，但Oriole和Flamingo不需要，因為游離的染料不發熒光。“染料本身不會被激光激發，只有當它與蛋白結合時才被激發，”Liu解釋道。

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